Il territorio fuori da questa imponente barriera fu lasciato alle incursioni e al saccheggio nemico e diventò ben presto «la città antica distrutta», la porzione di città romana ancora riconoscibile come tale, ma ormai ridotta a ruderi.
Non sappiamo quando esattamente venne innalzata la cerchia, spogliando i grandi edifici sacri o civili costruiti dai Romani dei comodi blocchi già tagliati e lavorati, ma certo molto presto, quando ancora le strade, come quella ritrovata sotto l’Hotel Baglioni, nello stesso senso di via Manzoni, erano ancora in buono stato, quando si preferì ritirarsi in uno spazio più ristretto e - come si dice - salvare il salvabile, forse nei primi secoli dell’era cristiana. Infatti la muraglia comprendeva al suo interno la cattedrale; e del resto la porta cittadina verso nord prese il nome proprio dal santo a cui la cattedrale era ed è intitolata, san Pietro, il primo protettore di Bologna.
Così piano piano ai grandi ed eleganti edifici pubblici si sostituirono le case private, alle vaste aree aperte per le cerimonie sacre o per le contrattazioni si sostituirono orti e cortili, riadattando alle nuove esigenze di sopravvivenza quanto ci si trovava sottomano della grande civiltà scomparsa.
Il Cristianesimo del resto aveva fatto lo stesso: aveva sovrapposto ai templi pagani le sue chiese, alle feste dedicate alle espressioni della natura, gli equinozi, i solstizi, le feste in cui si ricordavano le tappe della vita di Cristo e di Sua Madre. Insomma, tutto cambiò, ma in quella parte di città una espressione del grande impero romano al suo finire rimase evidente a lungo, la rocca imperiale che occupava e rinforzava l’importante angolo nord-ovest attorno a via Porta di Castello. Anche della rocca non conosciamo la data di costruzione, ma possiamo farcene un’idea notando che due imponenti arcate in pietra ancora visibili in una sala del Museo Medievale, che sono l’ultimo resto della rocca, sono misurate ancora in piedi romani e non ancora in piedi medievali bolognesi, usando mattoni romani di reimpiego. Un indizio che chi costruì quelle strutture ragionava ancora come un muratore e tagliapietre romano e aveva a disposizione in quantità materiale romano; al di sopra di questi solidi arconi fu costruita la torre dei Conoscenti, questa ormai pienamente medievale, ma forse non molto posteriore alla distruzione della rocca imperiale nel 1115.